Отец Рафаил (в миру Родион Иванович Шейченко) родился в слободе Великая Михайловка Курской губернии. Отец работал сапожником, занимался переплётным делом. Родион окончил церковноприходскую школу, обучался в земском училище, трудился, как и отец, сапожником. Будучи призванным в армию в 1913 году, окончил военно-ветеринарную фельдшерскую школу. Все эти профессии очень пригодились ему в дальнейшей жизни.
Ещё в ранней юности побывал Родион в Оптиной пустыни, которая произвела такое сильное впечатление на его душу, что память о ней он хранил и на фронтах Первой мировой войны. Позднее Шейченко напишет о себе так: «От дней детства под кровом родителя своего я всей пылкостью чистой юной души любил и жаждал святого иноческого жития. Оно было мечтой детства и усладой юности». Военные годы только укрепили веру и желание служить Господу. Вернувшись с фронта в 1918 году, молодой унтер-офицер попрощался с домашними и отправился в Оптину, где был принят в число братии и нёс послушание ветеринарного фельдшера, а также на клиросе.
Советская власть преобразовала монастырь в племенное хозяйство, но братия могла ещё трудиться и молиться в родной обители. В 1923 году, когда окончательно закрыли монастырь, иноки со слезами покидали родную Оптину, селились в Козельске на частных квартирах. Послушник Родион вспомнил ремесло сапожника и стал зарабатывать им на жизнь. Шейченко вступил на исповеднический путь, приняв в 1928 году, в страшное для верующих время, монашеский постриг. В том же году он был рукоположен в иеродиакона.
Власти старались всячески притеснять монахов, этот «чуждый элемент», и зимой 1930 года отец Рафаил был принудительно мобилизован на лесозаготовки. Летом того же года ОГПУ обвинило группу оптинских иноков в антисоветской агитации и подстрекательстве крестьян к восстанию во время беспорядков, случившихся в Козельске на Духов день. Иеродиакона Рафаила приговорили к десяти годам концлагерей. Четыре года он провёл в Вишерском исправительно-трудовом лагере (ныне в Пермской области), а затем был переведён в лагерь в г. Дмитрове Московской области, где работал ветеринарным фельдшером при животноводческой ферме совхоза «Ермолино». Жил в одном из пустых загонов для свиней и от великого недостатка в пище питался тем, что давалось животным. Другие заключённые не имели и такого дополнения к своему скудному рациону.
Находясь в лагере, отец Рафаил не скрывал своей веры. Во время свидания ему передали Евангелие, молитвослов, икону, а поскольку жил он отдельно, то мог беспрепятственно молиться, приглашая иногда к себе некоторых из заключённых собратий. 21 июня 1936 года оперуполномоченный Дмитлага направил рапорт, в котором писал: «Доношу, что зека Шейченко на протяжении продолжительного времени ведёт контрреволюционную агитацию. Прошу вашего распоряжения о привлечении его к уголовной ответственности». В тот же день у отца Рафаила был произведён обыск, и отрывки из писем и стихи, найденные у него, якобы стали вещественными доказательствами преступления против государства. 13 сентября состоялось закрытое заседание Московского областного суда. В приговоре было сказано: «Виновным себя подсудимый не признал, но преступление доказано как материалами дела, так и свидетельскими показаниями, а потому суд, учитывая личность подсудимого и условия лагерной обстановки, приговорил Р.И. Шейченко к лишению свободы сроком на шесть лет с поражением в правах на пять лет и направлением для дальнейшего отбывания наказания в отдалённые северные лагеря». Отец Рафаил был этапирован сначала в г. Мурманск, а через четыре года переведён в Усольлаг в г. Соликамске Пермской области.
Из заключения исповедник освободился только в ноябре 1943 года. Сначала в Козельске, ближе к милой Оптиной пустыни, жить не разрешили, и отец Рафаил поселился в г. Кирсанове Тамбовской области. 1 октября 1944 года митрополитом Крутицким Николаем (Ярушевичем) он был рукоположен во иеромонаха и назначен настоятелем Благовещенской церкви в Козельске. С этого времени началась его многотрудная пастырская деятельность. Благовещенский храм был сильно повреждён, а колокольня снесена до основания. Отец Рафаил стал служить в наскоро отремонтированном приделе, тратя много сил на восстановление церкви. Поскольку строительную технику достать тогда было невозможно, то делали всё вручную. К 1949 году храм почти полностью восстановили.
Отец Рафаил был человеком великой любви и жалости к людям. Приехав в Козельск, он стал заботиться о состарившихся и немощных сёстрах бывшего Шамординского монастыря, многие из которых тоже вернулись из ссылок. Душа его вмещала всех, кто нуждался в помощи. Люди шли к нему, как к родному отцу, и всех он согревал своей любовью. Для каждой исстрадавшейся души у него находилось сердечное тепло. Власти установили тщательный контроль за ревностным пастырем, искали антисоветские высказывания в его проповедях, обращали внимание на строительную, благотворительную и духовническую деятельность. Его часто вызывали в местное отделение МГБ. Сделали своё дело и доносы завистников и недоброжелателей. Так, весной 1949 года староста Благовещенской церкви Наталья Александрова жаловалась властям, что отец Рафаил отстранил её от свечного ящика, поручив заниматься им монахине. 11 июля батюшка был арестован и заключён в калужскую тюрьму. Его обвинили в антисоветской агитации. 12 ноября 1949 года отца Рафаила приговорили к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь. Вскоре ему выписали направление в Вятлаг.
Почти все прихожане были убеждены, что в страданиях батюшки повинны ставший после его ареста настоятелем отец Сергий Шумилин и бывшая староста храма Наталья. Сам же отец Рафаил просил благословить их и молиться за них, умолял своих духовных детей «простить Наташу», которая прислала ему покаянное письмо о своём грехе доносительства. Он написал ей в ответ: «Мир и спасение от Господа скорбящей душе твоей, чадо моё Наталия! Винить тебя всецело в предательстве я не могу. А если по женской немощи болтнула где-либо и кому-либо — это и ты отрицать не станешь. Прекрасно знаешь, что в своих корыстных целях с тонким слащавым подходом отец Сергий всё наматывал себе на ус. Но Господь с ним и со всеми! Я усматриваю в этом только волю Божию и Его святой Промысл, ведущий меня сим путём голгофским не с митрой на главе и златым крестом на груди, а с тернием на главе, с крестом на плечах. Искренне в душе простив тебя, отца Сергия и всех-всех, кто явился орудием исполнения воли Божией, считаю всех не только не врагами, а даже благодетелями спасения моего.
Простил ещё 11 июля 1949 года. Прощаю и теперь, спасения душ их желая, взирая на Сына Божия, висящего на Кресте Голгофском и в предсмертных Своих тяжких страданиях взывающего в молитве к Отцу Своему за врагов Своих: «Отче, отпусти им, не ведят бо, что творят!» Умоляю: не скорби паче меры, а особенно Боже упаси тебя унывать, ибо уныние есть смерть души. Обо мне молись, да укрепит меня Господь, даруя христианскую кончину живота моего и добрый ответ душе моей на Страшном Суде Его! А где это совершится и как, где лягут мои кости — весть Господь, и да будет на это Его святая воля. Ему слава за всё во веки! Митры, кресты драгие и славу суетную оставлю честолюбцам. Земно тебе и всем-всем, даже и ненавидящим мя купно с отцом Сергием, кланяюсь, прошу прощения грехов моих вольных и невольных. Господь Бог да простит и всех вас, спасения душам вашим даруя».
Отец Рафаил без ропота нёс крест исповедника, молился за всех духовных детей и даже за гонителей. О пребывании в лагере старец писал своему духовному чаду так: «Мы здесь 40–60 человек, как в улье пчёлы. Добавь к сему игры, ругань, споры, зависть, озлобленность и многое другое до потери человечности. Поверь, что жизнь в лесу, в пещере была бы для меня отблеском Рая на земле. Но надо терпеть, смиряться и паче благодарить Господа, спасающего меня грешного… Неужели аз, безумный, окаянный, ничтожнейший прах, дерзну просить от Господа к себе большего внимания, чем заслуживал того вселенский вития, украшение Церкви Христовой, её слава — святой Иоанн Златоустый, окончивший дни свои в изгнании? Да не будет! Но своё пребывание под спудом, своё уничижение и скорби не променяю ни на какие суетные радости, а свою умиленную, покаянную и радостную слезу — ни на какие чины, славу и сокровища мира сего. Но пою, славлю и благодарю за всё Бога моего, взывая купно со святым мучеником Евстратием: телесныя бо страдания, Спасе, суть веселие рабом Твоим! Грешный Рафаил».
Все хлопоты верующих об освобождении батюшки остались бесплодными. Центральная комиссия по пересмотру дел осуждённых за контрреволюционные преступления оставила приговор в силе, так как священник не отказался от своих религиозных убеждений и в случае досрочного освобождения намеревался заняться активной церковной деятельностью. Отец Рафаил был освобожден только в 1955 году, после того как началось массовое амнистирование репрессированных. Выйдя из заключения, он получил назначение в восстановленный им Благовещенский храм, где настоятельствовал отец Сергий, его обидчик. Иеромонах Рафаил смиренно служил вторым священником.
Ему было уже за шестьдесят, он был болен и слаб. Пережитые скорби научили его глубокому состраданию к людям. Батюшка любил нищих, завещал это и своим духовным детям. Каждое воскресенье приглашал убогих к себе на чай. Однажды отец Рафаил велел привести и напоить чаем некую нищую в день её Ангела. Та была слепой и даже не могла самостоятельно идти, чем причиняла дополнительные хлопоты. Тогда одна из духовных дочерей иеромонаха Рафаила с упрёком сказала: «Да ну, батюшка, очень уж это нужный товар?!» На что он ответил: «Это самый нужный товар!» Старец старался как можно чаще служить, никому не отказывал в исполнении треб, хотя порой это было для него физически крайне утомительно, особенно когда приходилось в дни ненастья ходить на кладбище и совершать панихиды по просьбе родственников почивших. Он безотказно принимал страждущих, духовно изголодавшихся людей, которые стали съезжаться к нему со всех концов страны.
Весна и начало лета 1957 года выдались холодными. Троицкую родительскую субботу отец Рафаил дотемна провёл на кладбище: всем хотелось, чтобы именно этот смиренный исповедник помолился за их усопших сродников. А он, привыкший к крайнему самоотречению, никому не отказывал. И никто не заметил вовремя, что всеми любимый батюшка давно превысил меру сил человеческих и тяжело заболел. Вечером, когда старец вернулся домой, стало ясно, что у него воспаление лёгких. Духовные чада хотели позвать к нему врача, просили на это благословение у настоятеля, но тот всё откладывал, так что всякая врачебная помощь стала уже запоздалой. 19 июня 1957 года отец Рафаил скончался.
Оказавшись слишком внезапной, его кончина потрясла людей. Когда батюшку хоронили, то гроб с его телом в течение почти целого дня двигался от дома до старого кладбища Козельска, столько людей хотело проститься со своим благодетелем и молитвенником. 22 июня 2005 года по благословению патриарха Алексия II были обретены мощи отца Рафаила, ныне находящиеся в Преображенском храме Оптиной пустыни. В 2006 году преподобноисповедник Рафаил (Шейченко) причислен к лику новомучеников и исповедников Церкви Русской.
Несколько лет назад по прошению епископа Леонида (Толмачева), в то время возглавлявшего Уржумскую епархию, Патриарх Кирилл благословил передать частицу мощей и святой образ отца Рафаила из Оптиной пустыни в Покровский храм в г. Кирсе, ближайший к месту пребывания подвижника благочестия в узах Вятлага. В 2016 году в память о нём был установлен поклонный крест в исправительной колонии № 27 в посёлке Лесном Верхнекамского района, а сведения о жизни преподобноисповедника Рафаила, ныне включённого в Собор вятских святых, представлены в экспозиции музея Вятлага при Покровской церкви в Кирсе.